Từ năm 2000, Nhật Bản đã xây dựng và triển khai dự án có tên là 'Healthy Japan 21' (Nhật Bản khoẻ mạnh năm 2021). Đây là một dự án 10 năm để cải thiện sức khỏe của quốc gia. Mục tiêu lớn nhất của dự án là ngăn chặn mọi người mắc các bệnh liên quan đến lối sống đã giết chết khoảng 60% người Nhật, bao gồm bệnh ung thư, bệnh tim mạch và đột quỵ, và kéo dài thời gian mà họ có thể sống khỏe mạnh. Luật “Khuyến khích sức khoẻ” (“Health Promotion”) đã được quốc hội thông qua vào năm 2002, trong một nỗ lực để thúc đẩy hơn nữa sức khỏe của quốc gia và phòng ngừa bệnh tật. Với luật này, chính phủ Nhật Bản hỗ trợ mạnh các công trình nghiên cứu khoa học, các biện pháp chống hút thuốc thụ động ở những nơi công cộng và quảng bá rộng rãi các hoạt động giáo dục liên quan đến các vấn đề về lối sống như thói quen ăn uống, tập thể dục, dinh dưỡng, hút thuốc, rượu và chăm sóc răng.
Các biện pháp này đã tăng thêm động lực để cải cách hệ thống BHYT của Nhật Bản, trong đó tập trung vào chăm sóc y tế cho người cao tuổi, cải thiện đáng kể sức khỏe của quốc gia và sự lành mạnh về tài chính của Nhật Bản. Những giải pháp này là tiền đề dẫn đến cải cách hệ thống y tế Nhật Bản vào tháng 6/2006. Cải cách hệ thống y tế Nhật Bản không chỉ là sửa đổi một luật duy nhất mà sửa đổi đồng thời một số luật khác có liên quan như Luật Bảo hiểm Y tế, Luật cung ứng dịch vụ y tế cho người cao tuổi, Luật bảo hiểm chăm sóc dài hạn và Luật dịch vụ y tế;… Cải cách hệ thống y tế nhằm duy trì độ bao phủ chăm sóc sức khoẻ toàn dân, cải thiện sức khỏe quốc gia nhằm nâng cao chất lượng cuộc sống, đánh giá lại mức đồng thanh toán và phạm vi quyền lợi của bệnh nhân có BHYT, và tổ chức lại và lồng ghép các loại hình BHYT.
Năm 2017, với việc duy trì các hoạt động cải cách hệ thống y tế, Nhật Bản tiếp tục có tên trong những quốc gia dẫn đầu về tính hiệu quả của hệ thống y tế theo tiêu chí đánh giá của Tổ chức Y tế Thế Giới.